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転写制御関連データベース TRANSFAC

主な特徴

  • 真核生物の転写因子や転写因子結合部位に関するデータベースです。
  • 入念に検証された、信頼性の高いデータを提供します。
    • 論文など様々な文献に記載されている情報を、遺伝子制御研究のバックグラウンドを持つ分子生物学者によって構成されるチームが検証したデータのみを登録しています。
    • 転写因子とその結合部位との対応については、その対応関係の登録に当たって参照された文献等に記載されている実験事実などに応じた、信頼性を示す数値が与えられています。
  • 蓄積された転写因子結合部位の情報から導出された、位置特異的な重み行列(Position Weight Matrix)を提供します。
    • MATCH(TRANSFACに付属)により、このマトリックスを用いて転写因子結合部位の予測を行えます。
    • 独自のマトリックスを作成・編集したり、いくつかのマトリックスをまとめてプロファイルを定義することができます。
    • 別売りの解析パッケージTRANSPLORERで利用する最新のマトリックスとしても利用できます。
  • 目的に応じたアドオンデータベースが別途提供されています。
    • TRANSCompel:複合的エレメント(composite element)
    • PathoDB:疾病の原因とされる遺伝子変異で転写制御に関連するもの
    • S/MARt DB:SAR/MARおよびそれらに結合するタンパク質
    • TRANSPRO:遺伝子の上流(5´側)領域(RefSeqから抽出)

TRANSFACのトップページ

TRANSFACは、転写因子(FACTOR)、転写因子結合部位(SITE)、位置特異的重み行列(MATRIX)など6つのテーブルと、転写因子結合部位の予測・検索ツールであるMATCH、PATCHなどから構成されます。

転写因子(FACTOR table)の検索画面

転写因子名や参照されている文献、機能上の特徴や配列など、様々なキーワードで検索できます。

転写因子結合部位予測ツール MATCH

充実したマトリックスを利用して、与えられた配列に存在する結合部位候補を、簡単な操作で予測します。

転写因子のデータ表示

転写因子名や参照されている文献、機能上の特徴や配列など、様々なキーワードで検索できます。

システム紹介

近年、細胞内での転写制御やシグナル伝達が様々な疾病の発症・進展に関与していることが明らかにされつつあるなど、転写制御、中でもその中心的存在である転写因子の研究が重要なものとなっています。
TRANSFAC Professionalは、このような転写制御に関して包括的に情報を提供するデータベースです。主として真核生物の転写因子とその結合部位などについて記述されており、すべてのデータは、遺伝子制御研究の知識・経験をもつ分子生物学者によって検証されるなど、データベースとして他に類を見ない信頼性を誇ります。
また、プロファイルをもとに転写因子結合部位を予測するツールが提供されますので、単に情報を検索するだけではなく、手元にある配列を解析することも可能です。

TRANSFACは、BIOBASE社が提供するデータベースの
中核として転写因子などのデータを提供します。

 

  • 対応プラットフォームはLinux、Solaris、Tru64 Unix、Windows NT/2000/XPなど。詳細はお問い合わせください。 


※ TRANSFAC、TRANSCompel、PathoDB、TRANSPATH、TRANSPLORERは、BIOBASE社のドイツにおける登録商標です。 

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