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TRANSFAC

TRANSPATH

主な特徴

転写活性を制御するシグナル伝達に関するデータベースです。
使いやすくかつわかりやすいユーザーインターフェースを備えています。

クリッカブルマップ：
イメージをつかみやすい、丁寧に書かれたマップ表示が、各パスウェイごとに用意されています。マップから各要素の詳細表示を参照できます。
検索エンジン：
アクセッションナンバーからモチーフやGene Ontology情報あるいは文献のタイトルなど様々なキーワードによる検索が可能です。

入念に検証された、信頼性の高いデータを提供します。

論文など様々な文献に記載されている情報を、遺伝子制御研究のバックグラウンドを持つ分子生物学者によって構成されるチームが検証したデータのみを登録しています。
各要素間の相互作用については、その対応関係の登録に当たって参照された文献等に記載されている実験事実に応じた信頼性を示す数値が与えられています。

研究･解析に有用なツールを実装しています。

PathwayBuilder：
データベースに収められている各要素及び相互作用から、検索条件に合わせて必要な部分を抽出します。ワンクリックでの実行も、詳細な設定を行っての実行も可能で、カスケード表示やシグナルフロー、クラスターマップなど、閲覧の目的にあわせた表示方法を選択できます。
ArrayAnalyzer：
マイクロアレイの解析に有用な情報として、検索エンジンで得られた要素のリストをもとにシグナル伝達機構をたどり、各要素に共通するキーとなる要素もしくは遺伝子を検索します。

Map表示（IL-1 pathwayの例）

概要を把握しやすいように、各パスウェイについてこのようなクリッカブルマップが用意されています。

Molecule テーブルに対する検索画面

マップ表示で要素をクリックするほかに、様々なキーワードによってシグナル伝達機構内の各要素を検索することができます。

PathwayBuilder

パスウェイの検索ではワンクリックで行えます。詳細に条件を設定することも可能です。カスケードあるいはシグナルフローなど目的に応じた表示方法を選択できます。

ArrayAnalyzer

与えられた複数の要素についてシグナル伝達を調べ、共通したキーとなるMoleculeもしくはGeneを検索します。検索結果は、リストあるいはネットワーク形式などでわかりやすく表示されます。

システム紹介

TRANSPATH Professionalは、細胞外シグナルから始まって転写因子に至る、転写因子の制御に関わるシグナル伝達機構について、包括的に情報を提供するデータベースです。
酵素、転写因子、ホルモンその他シグナル伝達に関連する要素と、各要素間の相互作用がそれぞれテーブルとしてまとめられており、それらに関する充実した文献情報とともに提供します。
また、使用目的に応じた様々な検索ツールを用意しており、その結果表示も、テキストベースの詳細な内容表示、カスケードあるいはリスト表示から、検索結果にあわせて動的に作図されたシグナルフロー表示まで、目的と好みにあったインタフェースを利用することができます。